【マイクロ法人】
上場企業財務経理幹部
でも知らないことだらけだった！
「見落としがちな年間スケジュール」
完全ガイド
はじめに
はじめまして。「エンジョイ経理」編集長です。私はかつてIT大手上場企業で財務経理を担当し、毎月の決算報告や取締役会資料の作成、監査法人・税理士法人・証券会社など外部専門家との折衝を行っていました。規模の大きな会社だからこそ、社内体制やフローが整備されており、ある意味“当たり前”に業務が回っていたわけです。
ところが独立し「マイクロ法人」を設立してみると、大企業時代には意識する必要のなかった手続きや、組織として自動的に行われていた作業を自分自身で処理しなければならない状況に直面しました。最初のうちは「こんな細かな届出や書類が必要なの？」「誰に聞けばいいんだろう？」と戸惑うことばかり。
そこで本記事では、「マイクロ法人を設立してから1年を通じてどのようなスケジュールで何をすべきか」を、大企業の財務経理から独立して得たリアルな体験談を交えながら、なるべく分かりやすくまとめます。これからマイクロ法人を設立しようと考えている方や、既に設立済みだけど手続きに不安がある方の一助になれば幸いです。
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1. マイクロ法人の特徴と注意点
マイクロ法人とは、一般的に従業員数（役員含む）が極めて少ない法人を指す場合が多いです。具体的には、代表取締役1名もしくは数名程度で活動している株式会社や合同会社などが該当します。
- 設立メリット
- 社会保険（健康保険・厚生年金）へ加入しやすい
個人事業主でも国民健康保険・国民年金に加入しますが、法人であれば健康保険・厚生年金に加入することとなり、将来的な保障面でのメリットも考えられます。 - 節税効果
事業規模や所得額によっては、個人事業よりも法人化したほうが結果的に税金や社会保険料の負担を抑えられる可能性があります。 - 信用力の向上
取引先や金融機関との契約などで、「法人」であることは一定の信用力をもたらすことがあります。
- 社会保険（健康保険・厚生年金）へ加入しやすい
- 注意点
- 会計・税務の手間が増える
個人事業主では不要な「年末調整」「源泉徴収」「法定調書」「償却資産申告」など、法人ならではの手続きが増えます。 - 社会保険料の負担
法人であれば健康保険・厚生年金に加入が必須となり、個人・法人合わせた保険料の負担額が思いのほか大きいケースもあります。 - 住民税の徴収方法に注意
住民税を「特別徴収」にすると給与天引きでやりとりする必要があり、作業が増加する場合があります（後述）。 - 細かな届出・申告を見落としがち
源泉徴収税、償却資産税、算定基礎届や賞与不支給報告書など、聞き慣れない手続きが数多くあります。放置するとペナルティリスクが高まるため要注意。
- 会計・税務の手間が増える
これらを踏まえ、「どのタイミングで何をすればいいのか」を把握しておくことが、マイクロ法人を円滑に運営するうえで重要となります。
2. 毎月やるべきこと
(1) 社会保険料の支払い
マイクロ法人を設立し、代表取締役1名だけでも健康保険・厚生年金へ加入します。
- 支払い額と負担割合
一般的に「法人と個人が半分ずつ」負担しますが、実際の振込は「法人が個人負担分を含めてまとめて支払う」という形です。 - 支払い方法
- ネットバンク（楽天銀行、PayPay銀行など）を使ってPay-easy（ペイジー）で振り込む。
- GMOあおぞらネット銀行などで「口座振替」を設定し、自動引き落としにする（手間削減に有効）。
以下の記事も見ると良いですよ！
【2025年最新版】厚生年金保険料・国民年金保険料の口座振替が可能な金融機関一覧表～イオン銀行・GMOあおぞらネット銀行が対応開始で“革命的”に便利に～ - 口座開設の審査や引き落としの設定に時間がかかる場合は、当面は手動振込で対応。
- 月次の確実な支払いが重要
「未払」にできるわけではないため、資金不足にならないように注意が必要です。
(2) 役員報酬の支払い
マイクロ法人では、代表取締役だけが役員報酬を受け取るケースが多いです。
- 役員報酬の設定
- 4万5,000円や8万円などに設定して、社会保険料や所得税の負担をコントロールする方が多いです。
- 4万5,000円であれば源泉徴収税がゼロになる場合もあり、事務手続きがシンプルになるメリットがあります。
- 資金繰りとの兼ね合い
- 設定した報酬を毎月キッチリと支払うのが基本。ただし資金に余裕がない場合は「未払計上」を検討することもあります（税理士等に相談が必要）。
- ただし、社会保険料は必ず指定期日までに支払いが必要。未払が許されるものではありません。
(3) 源泉徴収税の納付（原則的には翌月10日まで）
法人（会社）が従業員や役員に対して給与を支払う場合、所得税（源泉所得税）を天引きして税務署に納める必要があります。
- 原則は給与支給日の翌月10日まで
- 例：4月25日に給与を支払った場合、その源泉徴収税は5月10日までに納付。
- 毎月納付は地味に手間
- 納付書を用意し、銀行や郵便局へ行くか、e-Tax等を使って電子納付する必要があります。
- ただし、「納期の特例」を利用すれば年2回に集約できるので、後述の制度をチェックしましょう。
(4) 住民税の徴収方法（特別徴収と普通徴収）
給与がある場合、住民税は本来「特別徴収」で行うのが原則です。会社が給与から天引きして、役所へ納付する形になります。ただし、マイクロ法人の場合は以下の点に注意してください。
- 特別徴収は事務作業が多い
- 給与支給のたびに特別徴収額を天引きし、毎月納付する処理が発生します。従業員が多ければ手間は分散できますが、1人や2人程度だと却って煩雑になりやすい。
- 普通徴収にできるケース
- 役所によっては一定の理由があれば普通徴収を認めることもあります。
- 普通徴収であれば、個人が納付書を用いて自分で支払うため、会社としての事務作業が減ります。
以下の記事をじっくりと呼んで普通徴収を選択するようにしましょう。
マイクロ法人の住民税は「特別徴収」か「普通徴収」か？事務負担を抑える最適な選択と切り替え方法を徹底解説
- 要確認：自治体ごとに扱いが異なる
- 最近は「特別徴収を強く推進する」という方針の自治体が増えています。
- 普通徴収にしたい場合は地元の市区町村に確認し、必要に応じて手続きや届出を行いましょう。
3. 納期の特例を使った源泉徴収税の納付スケジュール
源泉徴収税を毎月納付するのは大変…という方は必見です。「納期の特例」という制度を利用すると、給与に関する源泉徴収税の納付を半年に1回にまとめることができます。
- 制度の概要
- 従業員数が常時10名未満の事業所であれば、1月～6月に支払った給与等については7月10日まで、7月～12月に支払った分は翌年1月20日までにまとめて納めればOKです。
- 適用条件
- 税務署への「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」の提出が必要。
- 役員1名のみのマイクロ法人ならほぼ確実に対象となります。
- 注意点
- 給与の源泉徴収分だけでなく、弁護士・税理士・社労士など個人事業主への報酬を支払った場合にも源泉徴収が発生する場合があります。
- 源泉徴収が「ゼロ円」なら納付金額は発生しませんが、納期の特例の申請自体は手続きを進めておくのが無難です。
毎月の納付を年2回に抑えられるのは大きなメリットです。必ず忘れずに届出をしておきましょう。
4. 年末～年始にやるべきこと
マイクロ法人といえど、年末から年始にかけての一連の税務手続きは通常の法人と同様です。特に以下の3つは見落としがちなので注意してください。
(1) 年末調整
会社は1月～12月の給与所得について過不足の源泉所得税を精算し、最終的な正しい所得税額を確定させます。これがいわゆる「年末調整」です。
- 誰が対象？
- 役員1名だけの法人でも、形式上は年末調整と源泉徴収票の発行作業が必要です。
- 給与額や他所得の有無によっては実質的に徴収税額がゼロのまま終わる場合もありますが、会社としての手続きは省略できない点に注意しましょう。
- 源泉徴収票の作成・交付
- 従業員がいないマイクロ法人の場合も、自分（代表取締役）に対して源泉徴収票を作成し、会社として保管します。
- 1月末までに税務署へ提出する「給与支払報告書」（住民税関連）および「法定調書合計表」に添付が求められるケースがあるので、必ず作成しておきましょう。
(2) 法定調書の作成・提出
法定調書とは、会社が支払った給与や報酬の内容を税務署に報告するための書類です。
- 提出期限
- 毎年1月31日まで（1月末）に税務署へ提出。
- 報告対象となる主な支払
- 給与・賞与（役員報酬を含む）
- 税理士・弁護士・社労士・司法書士など個人事業主への報酬
- 不動産使用料（個人オーナーからの賃借など）
- 目的
- 税務署側が個人事業主の所得をしっかり把握するための資料。提出しないと会社側にもペナルティが及ぶ恐れがあるため、必ず期限までに提出しましょう。
(3) 償却資産申告
マイクロ法人が事業用に保有している機械・設備・工具・備品などは「償却資産税」の課税対象となる場合があります。
- 申告時期
- 毎年1月1日時点の資産状況について、1月31日までに市区町村へ申告。
- 課税標準額が少ない場合
- 取得価額の合計が150万円未満の場合などは免税点を下回り、実際の税額はゼロになることが多いです。
- とはいえ、免税点以下であっても「申告」が求められる場合があります（市区町村によって確認が入る）。
- 漏れると面倒
- 対象資産を申告せずに放置していると、後で指摘されたときに追徴課税やペナルティとなる可能性があります。
5. 年次社会保険関連手続き ～算定基礎届・賞与不支給報告書～
社会保険（健康保険・厚生年金）に関する手続きは、月次の保険料支払いだけではありません。年に一度、または賞与支給時期に関連する手続きをしっかり把握しておきましょう。
(1) 算定基礎届
- 算定基礎届とは
健康保険・厚生年金の標準報酬月額を決定するための届出です。通常、4月～6月に支払われた報酬額をもとに、その年の9月以降の保険料が見直されます。 - 提出期限
- 一般的には7月上旬から中旬頃までに年金事務所へ提出。
- マイクロ法人でも必ず提出
- 役員1名だけの場合でも、原則として算定基礎届の提出が必要です。
- 報酬が変わっていないときでも、所定の様式での手続きが求められるため注意しましょう。
(2) 賞与不支給報告書
- 賞与支給がない場合でも必要な場合がある
賞与を支給しなかった場合、「賞与不支給報告書」を提出することで、年金事務所側に「賞与がなかった旨」を知らせる手続きがあります。 - 提出タイミング
- 賞与を支給する予定月があったにもかかわらず、結果的に支給が行われなかった際に提出を求められることがあります。
- 年金事務所から通知が来るので、見逃さないようにしましょう。年金事務所に賞与支給予定月として登録している月の前月に郵送されてきます。
- 注意点
- 支給がないのに報告を怠ると、余計な問い合わせや手続きが発生する場合があります。少し面倒ですが確実に処理しておくほうが安心です。
6. 年度末の決算・申告スケジュール
マイクロ法人でも決算は毎期発生し、決算期終了後2カ月以内に各種申告を行う必要があります。
(1) 法人税・地方税の申告と納付
- 申告期限
- 決算期末日から2カ月以内（例：3月末決算 → 5月末申告・納付）。
- 必要書類
- 貸借対照表・損益計算書をはじめとする決算書類
- 法人税申告書、地方税（都道府県民税・事業税・市町村民税など）の申告書一式
- 法人事業概況説明書など
- 作業量
- 年末調整や法定調書、償却資産の申告でバタバタしてから、さらに決算・申告に突入するため、初年度は混乱しやすいです。
- 税理士を依頼する場合は、余裕を持って資料を用意しましょう。
(2) 消費税の申告と納付
- 課税事業者かどうか
- 2期前の売上高が1,000万円を超える場合、消費税の課税事業者となり、申告・納付の義務が生じます。
- 売上規模が小さいマイクロ法人の場合、免税事業者であることも多いですが、下記インボイス制度にも注意が必要です。
- インボイス制度への対応
- 2023年10月に施行されたインボイス制度によって、取引先から適格請求書の発行を求められるケースが増加。
- 免税事業者のままでは取引先が仕入税額控除を受けられず、取引条件の変更を迫られるリスクがあります。
7. マイクロ法人をシンプルに運営するためのポイント
マイクロ法人は個人事業に比べて手続きが増えるとはいえ、ポイントを押さえれば負担を大幅に軽減できます。
- ネットバンクの活用
- 社会保険料や源泉徴収税、法人税などをインターネットで納付できるように整備。
- GMOあおぞらネット銀行などの口座振替やネットバンクでの自動引き落としを組み合わせると、月次作業が激減。
- 納期の特例をフル活用
- 源泉徴収税の納付は半年に一度で済むようにして、煩雑な納付回数を削減。
- 住民税を普通徴収にする選択肢
- 可能であれば「普通徴収」を選び、会社の事務処理をシンプルにする。
- 自治体の運用が年々厳格化しているので、あらかじめ確認を取っておくとスムーズ。
- クラウド会計ソフトの導入
- 銀行明細やクレジットカードと自動連携し、仕訳を自動化。
- 請求書発行やレポート作成も楽になる。
- 専門家への定期的な相談
- 自力での対応が不安な場合は、税理士や社労士などのプロに相談。
- 特に初年度はどこで何が発生するか分からないため、早めの体制構築が重要。
8. 私が独立して感じたリアルな苦労と学び
(1) 「全部自分で手続きする大変さ」と「情報不足」
大企業の財務経理部門にいたときは、上司や同僚、外部専門家などにすぐ相談できました。しかし独立後は、税務署や年金事務所、役所に直接聞きに行かないと分からないことが非常に多かったです。
「算定基礎届って何？」「賞与がない場合も報告する必要あるの？」といった基本的な疑問さえ、自分で調べて行動しないと答えにたどり着けませんでした。
(2) 社会保険・住民税のタイミング管理
社会保険料は毎月必ず支払う必要があり、思った以上にキャッシュアウトが続きます。さらに住民税については特別徴収・普通徴収の扱いを誤ると、意外に作業が増えてストレスが溜まります。
私は当初、何も考えずに特別徴収にしてしまい、毎月天引き計算や納付書管理に手間がかかりすぎて後悔しました。
(3) 納期の特例がもたらす事務負担の軽減
源泉徴収税を毎月納付していた頃は、納付を1日でも過ぎるとペナルティが発生するプレッシャーに苦しんでいました。半年に1回で済むようになったときは、**「こんなに気が楽になるんだ！」**と本当に驚きました。
マイクロ法人の規模なら、ぜひ導入を検討してほしいポイントです。
(4) 賞与不支給報告書の提出忘れでヒヤリ
大企業時代には総務が一括管理していた「賞与関連の手続き」。独立後、賞与を支給しないのに賞与支給予定月に報告をしていなかったことで、年金事務所から通知が来て慌てた経験があります。
マイクロ法人であっても、必要書類は小まめにチェックすることが大切だと痛感しました。
9. まとめと免責事項
マイクロ法人は、個人事業にはないメリットを享受できる一方で、社会保険料の支払い、源泉徴収の納付、住民税の扱い、年末調整や法定調書、償却資産申告、算定基礎届、さらには賞与不支給報告書など、大企業では部署ごとに行っていた細かな業務を少人数（あるいは1人）でこなさなくてはなりません。
しかし、納期の特例や口座振替、クラウド会計などを活用し、必要に応じて専門家の手を借りることで、想像以上にシンプルなオペレーションを構築することができます。大事なのは「いつ・何をすべきか」を事前に把握し、スケジュール管理を徹底すること。忙しさに流されず、適切に手続きを行うことで、無駄なリスクやペナルティを回避しながら本業に集中できる体制を整えましょう。
免責事項
- 本記事は、筆者がIT大手上場企業の財務経理を経験後にマイクロ法人を設立・運営するなかで得た知見や情報をもとにまとめたものです。
- 掲載内容は、執筆時点の法律・制度・情報を参考にしており、すべての事例に当てはまることを保証するものではありません。
- 税制や社会保険制度は随時改正される可能性があります。最新の情報や個別の事情については、必ず専門家（税理士・社労士・弁護士など）へご相談ください。
- 本記事の内容を参考に行動した結果生じた損害やトラブルについて、著者および本記事の関係者は一切の責任を負いかねます。自己責任のもと、正確な情報をもとに対応をお願いいたします。
「やるべきことさえ押さえれば、あとは仕組み化するだけ！」――マイクロ法人のメリットを最大限活かしつつ、シンプルオペレーションで事業を加速させていきましょう。
